Для более интересной игры, было реализована уникальная возможность игры не за одного отдельного персонажа, а за целую команду шиноби, состоящую из Сенсея и его учеников. Однако, для сохранения баланса между игроками-индивидуалами и групповыми игроками, шиноби команды будут немного урезаны в своих способностях.

1.
У каждого члена команды может быть только одно направление.
При взятии направления Стихийного ниндзюцу, шиноби до ранга Джоунина, могут иметь только одну стихию. Джоунины могут использовать две стихии.

2.
Изначально, команда, которую может взять игрок имеет следующий состав:
Сенсей - Кайзеннин
Три ученика - Генины
Накапливая опыт, выполняя миссии или проходя экзамены, игрок может приобретать амуницию, а так же учить новые техники так же, как обычные персонажи. Игрок может повышать ранг Сенсея или Учеников так же, как и одиночные персонажи.

3.
Изначальное количество техник у каждого из членов команды сокращенно.

Количество техник для команды шиноби на начало игры

Каждый игрок имеет право на определенное техник при подаче анкеты, согласно рангу его персонажа.

Ранг

----

Количество техник

Генин

----

3 (все С-ранга)

Чуунин

----

5 (не более 2 техник В-ранга)

Токубецу Джоунин

----

8 (4 техники В-ранга, остальные С-ранга)

Кайзеннин

----

10 (1-2 техники А-ранга, остальные В и С-ранга)

Джоунин

----

10 (1 техника S-ранга)

Каге

----

>10 (2-3 техники S-ранга)

Иерархия шиноби для команд

Выпускник Академии (0)

Генин (1 С)

Чуунин (1 В)

Токубецу
Джоунин (2 В/С)

Токубецу
Джоунин (1 В)

Кайзеннин (2 В/С)

Кайзеннин (1 А)

Джоунин (3 В/В/В)

Джоунин (1 S)

Джоунин (2 А/В)

Каге (Персональный подход)

В этой иерархии указано количество направлений шиноби и максимальный ранг техник, которые он способен использовать, согласно его рангу. Например, Джоунин (3 А/В/В) - Шиноби ранга Джоунин. Основное его направление ограничивается техниками А ранга, второстепенные направления ограничиваются техниками В ранга.